Trải qua hơn 60 năm phục vụ, nay Chùa Giác Ngộ đã xuống cấp và không đủ điều kiện phục vụ các sinh hoạt tu học của Tăng đoàn và Phật tử, như mong đợi. Chánh điện, lầu 1 và lầu 2 đã bị dột trên 15 năm qua. Sau gần 20 năm giải quyết tranh chấp đất, nhờ Tam Bảo gia hộ, Chùa Giác Ngộ đã được Sở Xây dựng Thành phố Hồ Chí Minh (tại công văn số 129/GPXD, ký ngày 30-7-2012) cấp giấy phép xây dựng mới toàn bộ. Công trình xây dựng mới Chùa Giác Ngộ gồm 1 tầng hầm để xe và 7 lầu, với tổng diện tích xây dựng là 3476m2. Chính điện mới của Chùa gồm 2 tầng, tầng 1 gồm 412m2 và gát lửng ở tầng 2 gồm 300m có sức chứa khoảng 700 người làm lễ cùng một lúc. Tầng 3 là thiền đường. Tầng 4 là thư viện. Các tầng còn lại phục vụ các sinh hoạt giáo dục Phật học và các Phật sự khác. Bên cạnh tòa 7 tầng vừa nêu, phía sau còn có dãi Tăng xá và bên trái từ ngoài nhìn vào còn có dãi nhà thờ cốt của thân bằng quyến thuộc các Phật tử đã quá vãng. Tổng chi phí xây dựng mới Chùa Giác Ngộ trên 20 tỷ đồng VN.[6]Công trình xây dựng mới Chùa Giác Ngộ dự kiến sẽ hoàn tất trong vào 24 tháng, kể từ tháng 10-2012. Trong suốt thời gian 2 năm trùng tu, một phân nửa Tăng đoàn của Chùa sẽ tạm trú và sinh hoạt tại đường Bác Ái, quận Thủ Đức, số còn lại tại đường Phan Đăng Lưu, quận Phú Nhuận. Các khóa lễ tụng niệm chính sẽ được diễn ra tại số 139/5 đường Phan Đăng Lưu, quận Phú Nhuận.[7]Vì phải san bằng toàn bộ công trình Chùa hiện hữu để phục vụ cho việc xây dựng mới, kính mong các quý Phật tử có thờ cốt tại Chùa thông cảm hoàn cảnh của Chùa, hoan hỷ đến Chùa làm thủ tục tạm thời thỉnh cốt về nhà hoặc di dời cốt đến một ngôi Chùa khác, hoặc Chùa sẽ tạm thờ ở một nơi thích hợp. Sau khi Chùa xây dựng xong, khoảng 5000 lọ cốt sẽ được thỉnh về thờ tại Chùa Giác Ngộ.[8]